AI2BMD
AI2BMD是一个用于以从头算精度高效模拟蛋白质分子动力学的程序，能够高效模拟含有10000多个原子的各种蛋白质，分辨率达到全原子级别，近似达到从头算（第一性原理）的精确度。
AI2BMD on 集群_Sugon
git clone 路径：
/public/apps/AI2BMDsif 镜像：
/public/apps/AI2BMD/sif运行脚本及 Dataset：
/public/apps/AI2BMD/scripts更详细的使用说明请参考：https://github.com/microsoft/AI2BMD
Get Started 示例（请注意在本集群使用 singularity 来运行）
# 请先载入一个可用的 >3.7 版本的 python
module load pytorch
# download the Chignolin protein structure data file
wget 'https://raw.githubusercontent.com/microsoft/AI2BMD/main/examples/chig.pdb'
# download the preprocessed and solvated Chignolin protein structure data files
wget --directory-prefix=chig_preprocessed 'https://raw.githubusercontent.com/microsoft/AI2BMD/main/examples/chig_preprocessed/chig-preeq.pdb'
wget --directory-prefix=chig_preprocessed 'https://raw.githubusercontent.com/microsoft/AI2BMD/main/examples/chig_preprocessed/chig-preeq-nowat.pdb'
# launch the program, with all simulation parameters set to default values
# 运行启动器使用修改过的 ai2bmd_sg
/public/apps/AI2BMD/ai2bmd_sg --prot-file chig.pdb --preprocess-dir chig_preprocessed --preeq-steps 0 --sim-steps 1000 --record-per-steps 1