RELION

• RELION3开始不支持CentOS 6, 请切换至CentoS 7节点运行程序或提交任务

• RELION4开始仅支持计算能力(Compute capability)5.0以上的GPU，不支持c007-c009节点，只能在GPU工作站上运行

• 提供RELION3/4的GPU加速版本 (-cuda) 和Intel CPU加速版本 (-avx)

• MotionCor2：/share/apps/MotionCor2/MotionCor2_1.4.4_Cuda112-08-11-2021

• Intel/21.3版本开始，默认libfabric provider为PSM3，根据当前集群配置应修改为TCP

• topaz-0.2.5：/data/apps/topaz/0.2.5, 使用 module load cuda/11.3 topaz/0.2.5 载入，具体用法参见 topaz quick start guide

# cuda 加速
module load intel/21.3 cuda/11.4 relion/3.1-cuda
module load intel/21.3 cuda/11.4 relion/4.0-cuda

# Intel avx 加速
module load intel/21.3 relion/3.1-avx
module load intel/21.3 relion/4.0-avx

# to run relion_it.py
module load intel/21.3 cuda/11.4 relion/4.0-cuda
module load python/2.7.15
relion_it.py

PBS script examples

# cuda加速，用于c007~c009以及所有gpu工作站

#!/bin/bash
#
#PBS -l nodes=amax01:ppn=12
#PBS -l walltime=120:00:00
#PBS -j oe
#PBS -q avx2
#PBS -N relion

# module load intel/21.3 cuda/11.4 relion/4.0-cuda
module load intel/21.3 cuda/11.4 relion/3.1-cuda
cd $PBS_O_WORKDIR
export I_MPI_OFI_PROVIDER=TCP

mpirun XXXcommandXXX

# avx256加速，用于c006，也可用于c007~c009及其他gpu工作站

#!/bin/bash
#
#PBS -l nodes=c006:ppn=24
#PBS -l walltime=120:00:00
#PBS -j oe
#PBS -q avx2
#PBS -N relion

# module load intel/21.3 relion/4.0-avx
module load intel/21.3 relion/3.1-avx
cd $PBS_O_WORKDIR
export I_MPI_OFI_PROVIDER=TCP

mpirun XXXcommandXXX